<div dir="ltr">Drage kolegice i kolege,<div>zadovoljstvo nam je najaviti sljedeći zajednički seminar Fizičkog odsjeka i Hrvatskog biofizičkog društva:</div><div><br></div><div>Dear colleagues,</div><div>it is our pleasure to invite you to the following joint seminar of the Department of Physics and the Croatian Biophysical Society:</div><div><br></div><div>četvrtak/Thursday <b>20.4.2023. (today)</b>, <b>11:00, F201</b></div><div><b><br></b></div><div><b>Biophysical Modeling of Cytoskeletal Motor and Crosslinker Cooperativity</b></div><div><br></div><div>Shane Fiorenza, University of Colorado Boulder</div><div><br></div><div><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;text-align:justify;line-height:normal;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="HR">Interactions of cytoskeletal
filaments, motor proteins, and crosslinking proteins drive important cellular
processes such as cell division and cell movement. Cytoskeletal networks also
exhibit automated self organization in vitro, leading to non-equilibrium
self-assembly in reconstituted systems. An emerging problem in cytoskeletal
modeling and simulation is spatiotemporal alteration of the dynamics of
filaments, motors, and associated proteins. This can occur due to motor
crowding, obstacles along the filament, motor interactions and direction
switching, and changes, defects, or heterogeneity in the filament binding
lattice. How such spatiotemporally varying cytoskeletal filaments and motor
interactions affect their collective properties is not fully understood. The
Cytoskeleton Lattice-based Kinetic Simulator (CyLaKS) was developed to
investigate such problems. The simulation model builds on previous work by
incorporating motor mechanochemistry into a simulation with many interacting
motors and/or associated proteins on a discretized binding lattice. CyLaKS also
includes detailed balance in binding kinetics, movement, and lattice
heterogeneity. The simulation framework is flexible and extensible for future
modeling work, and is available on GitHub for others to freely use or build
upon. Here, we derive the biophysical model used in CyLaKS, illustrate the uses
of the framework, and discuss two new forms of cooperativity that the framework
has helped to uncover. The first is a micron-scale interaction between
nanometer-sized motors, and the second is a novel form of active protein
transport driven entirely by steric exclusion. These results offer new ways of
understanding collective behavior of proteins within the cytoskeleton.</span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;text-align:justify;line-height:normal;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="HR"><br></span></p><div>Lijepi pozdrav / best regards</div><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;text-align:justify;line-height:normal;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="HR"></span></p><div>Sanjin Benić & Damjan Pelc</div><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;text-align:justify;line-height:normal;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="HR"><br></span></p></div></div>