[seminar] IF

[Ticijana Ban]

Poštovani,

Obavještavam Vas o održavanju seminara na Institutu za fiziku, Bijenička cesta 46, predavaonica u zgradi Mladena Paića u četvrtak 24. siječnja 2008. u 15:00 sati.

Seminar pod naslovom Pakiranje DNK s proteinima održat će dr. Tomislav Vuletić s Instituta za fiziku u Zagrebu.

Sažetak predavanja možete pronaći u nastavku poruke.

Srdačan pozdrav,
Ticijana Ban
_______________________________________________________________________________________________________________________


Pakiranje DNK s proteinima

 

                                                                            T.Vuletić1,2, F. Livolant1, M. Renouard1, E. Raspaud1, J. Rädler3

1 Laboratoire de Physique des Solides, Universite Paris XI, Orsay, Francuska

2 Institut za fiziku, Zagreb, Hrvatska

3 Ludwig Maximillian Universität, München, Njemačka

 

Situacija u stanici kao osnovnoj funkcionalnoj jedinici života je vrlo gusta i napučena. Npr. DNK je vrlo gusto pakirana u glavama spermatozoida, kapsidama virusa ili u kromosomima, i upravo u takvom okolišu ostvaruje interakcije s proteinima (enzimima) pa tako i svoju funkciju. Pakiranje DNK se postiže ili uz pomoć elektrostatskih nespecifičnih interakcija s ionima suprotnog naboja, ili sa specifično dizajniranim proteinima. Općenito, faze s visokim udjelom biomakromolekula (>10%) su bitne funkcionalne strukture koje zahtijevaju fizikalno istraživanje i fundamentalno razumijevanje njihove organizacije.

RecA protein iz E.coli  (postoje analozi i u svim drugim bićima) ima važnu ulogu u rekombinaciji genoma [1], i njegova se funkcija odvija u okolišu napučenom makromolekulama - kromosomu.  RecA je relativno mali protein MW = 37,842, sa 352 aminokiseline, koji polimeriziranjem duž DNK, uz njeno rastezanje, stvara nukleoproteinske filamente, a koji su funkcionalna struktura pri rekombinaciji. Struktura RecA je riješena difrakcijom rengenskih zraka, no DNK-RecA kompleksi nisu još kristalizirani i njihova struktura nije u potpunosti jasna.

Naša studija RecA i RecA+DNK filamenata bila je sveobuhvatna, od ekstrakcije i purifikacije proteina, preko karakterizacije i provjere funkcionalnosti biokemijskim i fizikalnim metodama, do upotrebe dobivenog materijala za stvaranje faza s visokim udjelom biomakromolekula - tekućih kristala. Tekući kristali su interesantni kao strukture sami po sebi, ali i kako bi se provjerila funkcionalnost RecA u napučenom okruženju, a k tome su i najbliže što se može doći kristalizaciji i rješavanju strukture RecA+DNA kompleksa. Nukleoproteinske filamente smo formirali koristeći DNK od 146pb, 50nm, također pripremljenu unutar grupe. Uz takvu DNK, dobiva se monodisperzni koloidni sistem štapićastih, kiralnih čestica, kakve uobičajeno formiraju tekuće kristale [2]. 

Uz naš osnovni rezultat, formiranje različitih tekućih kristala, došlo se i do novih rezultata u kinetici kompleksacije RecA+DNK uz primjenu novih tehnika, kao što je fluorescentna korelacijska spektroskopija. 

Iz ovoga rada je proizašla i originalna ideja formiranja DNK biosenzora uz pomoć RecA proteina, koja čini osnovu prijedloga projekta prijavljenog na natječaj novopokrenutog fonda "Jedinstvo uz pomoć znanja".






Fig.1  RecA-DNA filamenti, elektronskom mikroskopijom.

     



                                                                                           Fig.2  Kapljice kolesteričke faze RecA proteina.

 

 



[1] Zahradka K., Slade D., Bailone A., Sommer S., Averbeck D., Petranovic M., Lindner A.B. & Radman M., Nature 443: 569-573 (2006).

[2] Leforestier A. & Livolant F., Biophys. J. 65:56-72 (1993).


-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: http://www.phy.hr/pipermail/seminar/attachments/20080118/7d4175bf/attachment-0001.htm 
-------------- next part --------------
A non-text attachment was scrubbed...
Name: not available
Type: image/gif
Size: 42170 bytes
Desc: not available
Url : http://www.phy.hr/pipermail/seminar/attachments/20080118/7d4175bf/attachment-0002.gif 
-------------- next part --------------
A non-text attachment was scrubbed...
Name: not available
Type: image/gif
Size: 18901 bytes
Desc: not available
Url : http://www.phy.hr/pipermail/seminar/attachments/20080118/7d4175bf/attachment-0003.gif